Como catedrático en la Universidad de Praga, se convirtió en uno de los principales líderes del movimiento de Reforma en Bohemia. Aunque fue motivado por los escritos de Wiclef, tenía poca confianza en la habilidad reformadora del Estado, y desarrolló una comprensión más profunda de la naturaleza de la iglesia. Igual que Wiclef, exhortaba al pueblo al estudio de las Escrituras y sustentaba sus enseñanzas en ellas, sin rechazar las tradiciones tanto como lo hizo Wiclef.Su predicación y propuestas de reforma fueron extremadamente populares. Como consecuencia de su ataque al papado, a la corrupción del clero y a otros problemas de la iglesia –especialmente la venta de indulgencias- perdió el apoyo de los obispos y del rey Wenceslao. Se escondió con sus amigos en el campo y continuó su reforma por medio de sus escritos. Durante este periodo escribió su tratado acerca de la iglesia. La iglesia, dijo,no existe donde el papa está, sino donde dos o tres se reúnen en el nombre de Cristo. De igual forma, no es el papa, sino el Espíritu Santo, quien da unidad a la iglesia. Tampoco tiene el papa ningún poder para incluir o excluir a la gente del cielo. Este poder de las llaves está en poder de la iglesia creyente bajo la dirección del Espíritu Santo y consiste en predicar, testificar, aconsejar, disciplinar y en la Santa Cena.
Al ser acusado de hereje por rechazar la autoridad del papa, Hus en repetidas ocasiones declaró su deseo de defender sus puntos de vista delante de un concilio general de la iglesia. Para terminar con el cisma, la iglesia convocó un concilio en Constanza, y se invitó a Hus a comparecer ante él.A pesar que sus amigos le advirtieron que su vida corría peligro si se presentaba ante el concilio, él dijo:
“Confío en mi Salvador. Confío que su Espíritu Santo me fortalecerá en su verdad, para poder enfrentar con valor tentaciones, prisiones, y si fuere necesario, aun la muerte cruel. (Citado por Moyer 1951: 296).
El emperador Segismundo le concedió un salvoconducto, pero llegando a Constanza pasó casi todo el tiempo en prisión. En lugar de darle la oportunidad de exponer sus enseñanzas ante el concilio de los padres de la iglesia, lo sometieron a juicio por hereje. Juan XIII presionó para que fuera condenado. Su suerte estaba sellada. Desde la prisión escribió:
Es preferible morir bien que vivir mal. Ante la muerte, no debemos claudicar. Terminar esta vida en la gracia, es acabar con el dolor y la miseria. El que teme la muerte pierde el gozo por la vida. La verdad triunfa sobre todo. El que muere vence, pues ninguna adversidad puede ya lastimar a quien ante la iniquidad no se inclina. (citado en Fosdick 1952: 41).
Se le dio una última oportunidad de retractarse, la que rehusó. Entonces colocaron sobre su cabeza una corona de papel con tres demonios pintados y la inscripción: “Entregamos tu alma al diablo.” Luego, lo llevaron fuera de la ciudad y lo quemaron hasta que sus restos se convirtieron en cenizas. Esto ocurrió el 6 de julio de 1415.Juan Hus preparó muy bien el camino para la Reforma, que 105 años más tarde, Martín Lutero dijo: “Todos somos husitas sin saberlo”. Sin embargo, durante esos cien años, sangrientas guerras contra los husitas devastaron la tierra, pues éstos seguían luchando por alcanzar su independencia política y religiosa. Hasta se emprendió una cruzada contra ellos. La mayoría finalmente hizo la paz con el catolicismo romano. No obstante, algunos continuaron separados bajo el nombre de Hermanos Bohemios, hoy conocidos como los Moravos. Uno de sus primeros grandes líderes fue Pedro Chelcicky (activo de 1420-1460), quien enseñó muchos de los principios que los anabautistas habrían de enfatizar un siglo más tarde .
